17 марта 1995 г. решением Коллегии Роскомрыболовства была создана База исследовательского флота, как филиал Тихоокеанского научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии (БИФ ТИНРО). Основной задачей предприятия явилось управление флотом, обеспечивавшим проведение экспедиционных исследований в морях Российского Дальнего Востока с целью сбора репрезентативных данных для составления прогнозов объемов допустимых уловов (ОДУ) - основы организации современного отечественного рыболовства. Для этого в БИФ ТИНРО были преданы 10 специализированных научно-исследовательских судов.
В соответствии с Приказом Минсельхоза Российской Федерации от 23 июля 2018 г. № 322 и Приказом Росрыболовства от 10 августа 2018 г. № 537 с 23 октября 2018 г База исследовательского флота функционирует в качестве филиала Всероссийского научно-исследовательского института морского рыбного хозяйства и океанографии с сокращенным названием «БИФ ВНИРО».
История создания на Дальнем Востоке России научного флота для проведения рыбохозяйственных исследований относится к 1929 г., когда для ТИНРО была приобретена 78-метровая парусно-моторная шхуна «Россинантэ». В это же время для работ в прибрежных водах стали использовать небольшие катера. Однако для сбора материалов по рыбным ресурсам удаленных районов Японского и Охотского морей организовывались экспедиции на промысловых траулерах, принадлежавших промышленным организациям. И только в 1956 г. в связи с подготовкой к проведению широкомасштабных научно-поисковых работ в удаленных районах Дальневосточных морей и открытых водах Тихого и Индийского океанов на уровне Совета Министров СССР принимается решение о создании в системе главка «Дальрыба» отряда научно-поисковых судов. Отряд был сформирован на базе транспортной морской организации – Управления «Приморрыбфлот», а его работа находилась под научным руководством Управления Дальневосточной научно-промысловой перспективной разведки ТИНРО (ДВНППР ТИНРО). В течение второй половины пятидесятых и на протяжении шестидесятых годов были проведены весьма результативные исследования практически во всех районах Тихого и восточной части Индийского океанов, от Арктики до Антарктики. Это позволило коренным образом расширить районы промысла отечественного рыболовства. Особенно масштабной была комплексная Северо-Восточная экспедиция, осуществляемая в течение нескольких лет силами научного состава ТИНРО и ВНИРО и позволившая открыть высокопродуктивные районы в Беринговом море, заливе Аляска и на Тихоокеанском побережье Северной Америки.
В июле 1970 г. на базе Управления «ДВНППР ТИНРО» и отряда научно-поисковых судов Управления «Приморрыбфлот» создается специализированное предприятие Тихоокеанское управление промысловой разведки и научно-исследовательского флота («ТУРНИФ»). В течение семидесятых-восьмидесятых годов флот оснащается новыми судами различного класса. На 1985 г. научно-поисковый флот, находящийся на балансе ТУРНИФ, насчитывал 59 единиц, в том числе 11 крупнотоннажных судов типа БАТМ и РТМ-С, около десятка БМРТ и РТМ и т.д. В 1987 г. флот пополняется пятью специально построенными для выполнения комплексных рыбохозяйственных исследований научно-исследовательскими судами типа «Атлантик-833».
В начале девяностых годов прошлого столетия в стране происходят глубокие общественно-политические и экономические трансформации, самым непосредственным образом коснувшиеся отечественной рыбной промышленности. В сложившейся ситуации, исходя из фактических потребностей отрасли, корректируется и направление исследований. В качестве приоритетной задачи выступает тема мониторинга биологических ресурсов Дальневосточных морей и прилегающей акватории севеной части Тихого океана. В связи с акционированием «ТУРНИФ» из его состава выводится десять специализированных научно-исследовательских судов – это НИС типа «Атлантик-833» и небольшие суда, специально оборудованные для работ в прибрежной зоне с помощью водолазов. На основе этого флота и создается База исследовательского флота. Дальнейшая ее деятельность в течение всех последующих лет связана с обеспечением проведения рыбохозяйственных исследований в Дальневосточных морях, в северной части Тихого океана и восточном секторе Арктики. На протяжении последних двадцати пяти лет флот Базы является важнейшим инструментом для получения данных по состоянию сырьевой базы отечественного рыболовства и формированию прогноза объема допустимых уловов (ОДУ) всех видов, населяющих наши моря и прилегающую часть Тихого океана.
В настоящее время в составе БИФ ВНИРО находятся 6 судов и 3 катера. Районы работ охватывают все Дальневосточные моря, Северную часть Тихого океана и Восточный сектор Арктики.